朱令在神智清醒的时候，曾向协和医院神经内科主任李舜伟否认她有在实验室接触铊盐的传言。李舜伟对此不敢轻信，特询问清华大学化学系，请求出具书面证明。1995年3月，学校出示学生接触化学药品的清单，肯定朱令并无铊盐接触史。此事被记入病历。
这个证明有可能直接影响了医疗诊断，从而进一步引发朱明新和协和医院1996年12月对簿公堂一事。
据2001年《三联生活周刊》报道：1997年10月，北京市医疗事故鉴定中心作出鉴定，认为协和医院在朱令案中没有过失，不属于医疗事故。1999年4月2日，朱明新败诉。
问题由此产生了：清华大学化学系有没有铊盐？朱令又是在哪里中毒的呢？
1995年起，清华校方一直声称，本科生不能接触铊盐。
一位不愿透露姓名的清华学生提到，“查遍SCI(科学论文索引)数据库和美国化学文摘数据库，整个清华大学发表的文章中涉及到铊盐的，从1992年到2002年只有三篇。其中有一篇是1996年发表的，从化学类文章的周期来说，其中的工作应该是1994年到1995年之间完成的，这个时间正好是朱令被投毒的时间。”
直到1997年4月9日，当时还在化学系任教的薛方渝教授说：清华大学化学实验室有铊盐，多数本科生确实不接触铊盐，但朱令同一宿舍的女生因帮老师搞课题，能够接触并使用铊盐。
但1997年6月26日，当时的清华大学党委副书记约见朱令家属，还重申了几点：朱令没有接触过铊盐；学校毒品管理是按照规定做的；事发后及时报案，凡是公安局要求的都做了；朱令宿舍被盗不能简单说谁有责任。
1998年8月25日，北京市公安局约见朱令家属，以下事实才得到确认：经朝阳医院职业病研究所化验鉴定，确定朱令是铊中毒；查清清华大学铊盐的使用情况，确认清华大学实验室购买过铊盐，铊盐毒品的使用没有经过严格的管理和登记；朱令是在学校内中的毒；排除了朱令本人曾使用或接触过铊盐；排除其家属或亲朋接触过铊盐。
国家教委办公厅文件，教备厅[1997]13号对此事定性：1995年5月，1997年5月，清华大学、北京大学先后发生了两起学生铊盐中毒案件。除涉嫌人为作案外，铊盐未按剧毒品管理是其重要原因。
10年后，物化2班的一名同学回忆此事时说：“至少在朱令病因确诊后，化学系不应该隐瞒分析中心有铊的事实。”
谁是嫌疑人
朱令本人并无铊盐接触史；能接触铊盐，懂得毒品的毒性、毒理；熟人；有竞争关系；这些都是凶手投毒的作案背景。了解内情又有几十年破案经验的老公安王补推断：嫌疑人的范围是很小的。
铊是一种缓发性的剧毒物品，致死量在1克左右，进入人体后有3-7日的潜伏期。1995年2月20日，朱令返校后，除2次周末由家人接送回家住过两天外，其余时间一直在清华校园内。3月2日回家时她已明显感到身体不适，由此推断凶手的第二次投毒，应在2月27日至3月2日几天间。
在校的两周时间内，除每日去团委办公室用电炉热中药之外，朱令只去系里上了一次实验课、一次准备补考的答疑课以及一次物化课的补考，其他时间都是整日躺在宿舍床上，补习因住院缺考的几门课。
身体虚弱的朱令，每日早饭是母亲带给她的面包和壮骨粉冲剂，午饭和晚饭都是勉强撑起，买饭菜端回宿舍半躺着吃，口渴时喝的是同宿舍人帮忙打的水。清华大学宿舍管理严格，男生不能自由出入。王补因此进一步推断：“朱令身边就有凶手。”
“我也深信朱令案中的凶手，应该就在我同学当中。”物化2班的一名男同学说。
各种对嫌疑人的猜测最终汇聚到一个人身上，她就是朱令当时的好朋友，同班同学，室友以及民乐队队友。她在实验室里和导师一起做实验，能够接触到铊盐。
这人回忆说，“1997年4月2日，在即将毕业的前夕，我突然被公安局14处从实验室带走讯问，在没有任何证据的情况下要求我在印有‘犯罪嫌疑人’字样的纸上签名。”在审讯了她之后，公安机关于当年四五月间找她的舍友们了解情况。
有旁观者说，“她和朱令关系亲密，客观上来讲更具便利的作案条件和更多的作案时间。”
有些同学对这样的传言表示质疑：“为什么因为和教授做课题就判定她是唯一能接触到铊的人呢？如果她能接触到，那么我们班其他人同样也能接触到。”一位和她交往甚密的女同学不相信她是投毒人。
她承认自己能够接触到配制好的铊盐溶液，但不承认自己是“唯一能够接触铊盐的学生”。“而且学校说实验室的‘管理非常严格’。但这完全是谎言！”
据物化2班同学回忆，“当时在清华大学分析中心下的实验室，相互之间串门很容易，拿些别的实验室的药品也不难。但是多少人能轻易拿到实验室的铊盐，恐怕只有童爱军、李隆弟实验室的人才知道了。”
清华大学化学系的教授李隆弟说，“我和童爱军老师是同一个实验室的，那位同学当时是在童老师名下到实验室做毕业论文。朱令不在这个实验室里。同学们是可以随便进实验室进行实验的。”
班里同学普遍认为，“除了投毒人，可能所有的同学都是不知情的，如果凭着一些无端的猜测去指证一个人，这对她(他)其实是很不公平的。”
这位同学表示，自己不能够“替学校背这么大的黑锅”。
此案敏感？
10年前，化学系的一位教授透露：“公安局交代，关于谁接触等情况不能讲。”
10年后，物化2班的同学被骤然问起，笑容消失，言辞稀少：此案在当时非常敏感。
10年前，清华大学派出所所长李慕成对朱令父母说，“有对象。”“上面批准后，开始短兵相接。”
10年后，李慕成已经退休，对记者说，“这件事是市公安局十四处刑警队李树森主办的，我们只做协助工作。”
10年前，清华大学化学系老师传出消息，拟定的侦破行动，因为等待公安局领导批准再次被延期……
10年后，处理此事的化学系老师含糊应答，案子是学校出面处理的，已经说了到此为止。
曾主要负责这个案件的公安局十四处李树森，接到记者电话时态度很和善，“这件事在调查工作中已有一定结论，从个人来讲，我不愿意回答；从公安民警的纪律来说，我不宜发表意见。领导要求我怎么向媒体说一些事情，我只有照办。”由于公安纪律的要求，他表示只能说抱歉，没办法开口回答问题，“这件事情很敏感，过去那么长时间了……”
“这个案子年年有人问，年年没结果。”一位已经远赴美国深造的98级清华化学系学生对他的学妹说。
坊间传言是，嫌疑人有着特殊的家庭背景。但此观点道理几何，尚无人能够考证。
10年来，嫌疑人家人从未试图对这件事的前后做任何辩解。
直到2005年12月30日，一个注册为“XX声明”的ID在天涯发表《XX的声明——驳斥朱令铊中毒案件引发的谣言》，声称“我是清白无辜的。我也是朱令案件的受害人”。她解释自己在10年内沉默的原因是，在案件告破之前，与朱令家人进行理智的沟通是根本不现实的。她认为自己没有“投毒动机”。
